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崇祯十一年(1638)正月十三日，洪承畴在梓潼打败李自成，李自成回师陕西。二十三日，裁减南京多余官员。二月十日，改河南巡按都御史张任学为总兵官。三月十五日，贺逢圣辞官退职。这月，李自成从洮州出番地，被总兵官曹变蛟追击失败，李自成再次入塞。率军到西和、礼县。
四月八日，张献忠在谷城假装投降，熊文灿受降。十五日，张至发辞官退职。十六日，火星逆向行驶，告诉廷臣修身反省。五月初一日，在中左门策试考选官。六月二日，安民厂发生灾害，城垣被毁坏，万余人受伤。十一日，孔贞运辞官退职。二十四日，兵部尚书杨嗣昌、户部尚书程国祥、礼部侍郎方逢年、工部侍郎蔡国用均为礼部尚书，大理少卿范复粹为礼部侍郎，一同兼东阁大学士，参与机要事务。杨嗣昌仍然掌管兵部。这月，两畿、山东、河南大旱，起蝗虫。
七月四日，少詹事黄道周因谈论杨嗣昌父丧未辞官守孝一事，贬为按察司照磨。八月八日，因多次出现灾害和异常情况，居永寿宫行斋，告诉廷臣修身反省。二十三日，傅冠辞官退职。二十八日，停止用刑。罗汝才等从陕州侵犯襄阳。九月，陕西、山西天旱饥荒。二十二日，大清兵进入墙子岭，总督蓟辽兵部侍郎吴阿衡战死。二十四日，京师戒严。
十月四日，卢象升入京救援，皇帝在武英殿召对他。五日，招买马匹。卢象升、高起潜分别领导援军。这月，洪承畴、曹变蛟大败李自成于潼关南原，李自成只率骑兵数人逃走。十一月十日，大清兵攻克高阳，退职大学士孙承宗战死。三十日，罢免卢象升，准其带罪立功。刘宇亮自己请求视察军队，得到同意。这月，罗汝才投降。十二月十二日，方逢年停职。卢象升在巨鹿兵败而死。二十日，孙传庭为兵部侍郎监督援军，征调洪承畴入京守卫。
当年，土鲁番、琉球入朝进贡。
崇祯十二年(1639)正月一日，因时事艰难多难，拒绝朝臣庆贺。二日，大清兵进入济南，德王朱由枢被活捉，布政使张秉文等死。十日，刘宇亮、孙传庭会师十八万人于晋州，但不敢前进。十九日，改洪承畴镇守蓟、辽二州，孙传庭总督保定、山东、河北。二月七日，刘宇亮停职。大清兵引兵北回。三月九日，出青山口，共深入内地二千里，经历五个月，攻下畿内、山东七十余城。十九日，加上孝纯皇太后谥号，诏告天下。
四月二十一日，程国祥辞官退职。这月，左良玉攻击降贼首领李万庆。五月八日，礼部侍郎姚明恭、张四知、兵部侍郎魏照乘均为礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。九日，张献忠在谷城起兵反明，罗汝才等相继起兵响应，一举攻克房县。十九日，孙传庭革职，不久被逮捕入狱。六月，畿内、山东、河南、山西天旱，起蝗虫。二十三日，抽调各镇精兵进行训练，又增加练兵粮饷。
七月十七日，左良玉征讨张献忠，在罗猴山失败，总兵官罗岱被活捉处死。熊文灿被革职，不久逮捕下狱。八月八日，下诏诛杀边境失事巡抚都御史颜继祖，总兵官倪宠、祖宽，内臣邓希诏、孙茂霖等三十三人，全部弃市示众。十四日，减免唐县及其他四十州县去年田租的一半。二十七日，大学士杨嗣昌率军征讨贼军，总督以下全部听其节制。
十月初一日，杨嗣昌在襄阳誓师。十一日，左良玉为平贼将军。十三日，钦定保民四事全书修成，颁布于天下。十一月二十八日，在京师南郊祭祀天。十二月，罗汝才侵犯四川。二十四日，下兵部尚书傅宗龙于狱。
当年，琉球入朝进贡。
崇祯十三年(1640)闰正月三日，赈救真定饥荒。六日，赈救京师饥民。二十一日，赈济山东饥荒。二月初一日，在东郊祭日。七日，总督三边侍郎郑崇俭在太平县玛瑙山大败张献忠，张献忠败走归州。二十七日，因长时间干旱，征求直言。三月三日，祈祷雨。五日，大风沙，下诏清理刑狱。七日，罢免各镇内臣。十七日，赐魏藻德等进士及第、出身各有不同。十九日，赈救畿内饥荒。二十八日，减免河北三府欠交赋税。
四月七日，逮捕江西巡抚佥都御史解学龙及他推举的黄道周。二十八日，吏部尚书谢升为礼部尚书，礼部侍郎陈演以原官兼东阁大学士，参与机要事务。五月，罗汝才攻打夔州，石石主女土官秦良玉连续战退罗汝才。四日，在北郊祭地。三十日，姚明恭辞官退职。六月初一日，总兵官贺人龙等分路追击罗汝才，罗汝才兵败，移师大宁。二十日，蔡国用死。二十一日，薛国观停职。
七月初一日，畿内捕捉蝗虫。十日，发放钱币赈救遭受蝗灾州县。十二日，左良玉及京师营兵总兵官孙应元等在兴山大败罗汝才。罗汝才败走巫山，与张献忠会合。八月二十五日，赈救江北饥荒。九月，陕西官军将李自成围困于巴西鱼腹山中，李自成因逃走幸免。十五日，张献忠攻陷大昌，总兵官张令战死。不久又攻克剑州、绵州。
十月六日，熊文灿被斩首示众。十一月，杨嗣昌进军重庆，十日，在南郊祭天。十一日，南京发生地震。十二月初一日，严格抄传军事机密禁令。五日，张献忠攻陷泸州。九日，逮捕薛国观。这月，李自成从湖广到河南，饥饿农民争先恐后跟随李自成。连续攻陷宜阳、永宁，杀万安王采。。，攻陷偃师，声势大震。
当年，两畿、山东、河南、山西、陕西天旱，蝗虫大起，人相残食。
崇祯十四年(1641)正月五日，在京师南郊祭谷。十三日，总兵官猛如虎追击张献忠于开县黄陵城，官军溃败，参将刘士杰等战死，张献忠遂挥师东下。二十日，李自成攻下河南，福王朱常洵被杀，前兵部尚书吕维祺等死。二月四日，下诏因时事艰难，灾害多次出现，悲痛得自己责罚自己。停止执行今年刑狱。所有罪犯全部减等定罪。五日，张献忠攻陷襄阳，襄王朱翊铭、贵阳王朱常法一同遇害，副使张克俭等战死。十三日，李自成进攻开封，周王朱恭枵、巡抚御史高名衡抗拒迎战李自成，李自成退却。二十日，张献忠攻陷光州。二十四日，在乾清宫左室召见阁臣、九卿、科道。命驸马都尉冉兴让等赏赐钱币金银，赈救河南受难宗室。三月初一日，杨嗣昌从四川回京，到荆州死去。十日，祈祷下雨。二十一日，洪承畴会合八镇兵于宁远。二十二日，逮捕郑崇俭下狱，不久弃市。
四月七日，大清兵攻锦州，祖大寿奋力拒守。十四日，总督三边侍郎丁启睿为兵部尚书，率军征讨贼军。五月六日，范复粹辞官退职。从狱中释放傅宗龙，任命他为兵部侍郎，总督陕西三边军务，征讨李自成。十四日，在北郊祭地。六月，两畿、山东、河南、浙江、湖广旱灾，起蝗虫，山东盗贼大起。
七月五日，李自成攻打邓州，杨文岳、总兵官虎大威打败李自成。二十八日，洪承畴增援锦州，驻军于松山。这月，临清运河干涸。京师大发瘟疫。八月二日，援兵与清军激战于松山，阳和总兵官杨国柱溃败战死。八日，赐薛国观死。十八日，重新建成太学，隆重祭奠先师孔子。二十一日，总兵官吴三桂、王朴从松山逃跑，其他军队在夜间全部溃败。这月，左良玉在信阳大败张献忠。九月四日，傅宗龙率师住新蔡，与总督保定侍郎杨文岳会师。六日，与贼军相遇，贺人龙全军溃败，傅宗龙被围困，文岳逃往陈州。十一日，周延儒、贺逢圣再次入阁。十八日，封皇子朱慈炯为定王。十九日，傅宗龙突围而出，直奔项城，被活捉处死。贼军屠戮项城及商水、扶沟。二十五日，李自成、罗汝才攻陷叶县，守将刘国能战死。这一月，官军在英山望云寨打败张献忠。
十月初一日，有日食。十一月四日，李自成攻陷南阳，唐王朱聿镆遇害，总兵官猛如虎等战死。十二月，李自成连续攻陷洧川、许州、长葛、鄢陵。二十三日，解学龙戍边，黄道周戍边。李自成、罗汝才合力攻打开封，周王朱恭枵、巡抚都御史高名衡誓死拒守。
崇祯十五年(1642)正月十三日，孙传庭任兵部侍郎，统领京师军队救援开封。十五日，杨文岳救援开封，李自成领兵南陷西华。十八日，减免天下崇祯十二年以前欠交赋税。这月，山东贼军攻陷张秋、东平，抢劫漕运船只。太监王裕民、刘元斌率兵会合兖东官军征讨平定。二月八日，赈救山东愿接受抚恤乱民。十三日，总督陕西都御史汪乔年暂住襄城，途中遇贼军，贺人龙等逃奔入关，汪乔年被围困。十七日，襄城沦陷，汪乔年被捉拿处死。十八日，大清兵攻克松山，洪承畴投降，巡抚都御史丘民仰，总兵官曹变蛟、王廷臣，副总兵江翥、饶勋等死于军火。这一月，由孙传庭总督三边军务。三月，李自成攻陷陈州。八日，魏照乘辞官退职。十日，祖大寿以锦州向大清兵投降。二十二日，李自成攻陷睢州、太康、宁陵、考城。二十三日。封皇子朱慈火召为永王。二十七日，李自成攻陷归德。当年春天，江北贼军攻陷含山、和州，南京戒严。
四月二十四日，李自成又包围开封。二十六日，谢升革职。五月一日，孙传庭入关，诛杀贺人龙。六日，张献忠攻陷庐州。十九日，王朴弃市示众。六月十日，贺逢圣辞官退职。十五日，张四知辞官退职。十六日，下诏天下停止用刑三年。二十一日，詹事蒋德瞡、黄景窻、戎政侍郎吴生生均为礼部尚书兼任东阁大学士，参与军国大事。二十二日，诏孙传庭出关。兵部侍郎侯恂督领左良玉军队增援开封。二十四日，因一起推举阁臣之事，下吏部尚书李日宣六人于狱，贬官戍边各有不同。二十六日，在京师北郊祭地。这月，筑祭坛亲自祭祀死去的文武大臣。山西总兵官许定国增援开封，在沁水溃败，宁武兵在覃怀溃败。
七月一日，左良玉、虎大威、杨德政、方国安四镇兵在朱仙镇溃败。八月十三日，安庆发生兵变，杀都指挥徐良宪，后来官军平定兵变。二十八日，黄道周从戍所释放出来，恢复其原来官职。三十日，兵部尚书陈新甲下狱，不久弃市。九月十五日，李自成决黄河堤灌于开封城。十六日，开封城垣倒塌，淹死城民数十万人。二十二日，孙传庭率军赶赴开封。二十四日，凤阳总兵官黄得功、刘良佐在潜山大败张献忠。
十月二十四日，孙传庭在郏县被张献忠打败。孙传庭引兵入关。十一月一日，援汴总兵官刘超占据永城谋反。四日，发放钱币赈济开封受灾宗室兵民。六日，大清兵分路入塞，京师戒严。命令勋臣分守九门，太监王承恩监督检查城防。下诏推举能率军守京大将。十二日，征调各镇兵入京救援。十四日，大清兵攻克蓟州。二十一日，蓟镇总督赵光。。提调援军。二十二日，张献忠攻陷无为。二十三日，辽东督师侍郎范志完入京救援。闰十一月七日，下诏责备自己，征求直言。十六日，大清兵南下，畿南郡邑大多没有守卫。二十一日，起用已废除将领。这月，李自成攻陷汝宁，前总督侍郎杨文岳、佥事王世琮宁死不屈英勇而死。十二月，大清兵直捣曹、濮，相继攻下山东州县，鲁王朱以派自杀。四日，李自成攻陷并占据襄阳。左良玉逃奔承天，不久到武昌。李自成分兵前进，攻下德安、彝陵，相继攻克荆门、荆州。二十八日，焚烧献陵。
崇祯十六年(1643)正月二日，李自成攻陷承天，巡抚都御史宋一鹤、留守沈寿崇等死。二十五日，张献忠攻陷蕲州。二月初一日，有日食。五日，范志完、赵光。。会师于平原。三月十七日，李自成杀害罗汝才，合并其部众。十九日，命令大学士吴生生率师征剿李自成。二十四日，李自成攻克武冈，杀岷王朱企。。张献忠攻陷黄州。
四月四日，周延儒自己请求率师出征，得到皇帝允许。二十八日，大清兵北回，与官军战于螺山，总兵官张登科、和应荐兵败，八镇兵全部溃败。这年，刘超讲和。五月初一日，张献忠攻陷汉阳。十日，周延儒回京师。十四日，修撰魏藻德为少詹事兼东阁大学士，辅佐军国大事。十六日，吴生生停职。二十五日，周延儒停职。三十日，张献忠攻陷武昌，楚王朱华奎被沉于长江。在籍大学士贺逢圣等死。六月一日，下诏减免直省残破州县三饷及一切常赋二年。十七日，逮捕范志完下狱。二十四日，雷电震坏奉天殿上兽吻，命令修身反省。
七月六日，在中左门亲自审讯范志完。二十四日，亲自在中左门审讯前任文选侍郎吴昌时，允许周延儒旁听调查。二十八日，禁止朝廷大臣私下谒见阁臣。京师从二月到本月发大瘟疫，下诏释放轻刑罪犯，发放钱币治疗疾病，掩埋五城外露尸骨。八月初一日，左良玉收复武昌、汉阳。五日，献忠攻陷岳州。二十五日，攻陷长沙。二十九日，攻陷衡州。九月五日，张献忠攻陷宝庆。八日，黄景窻辞官退职。十日，孙传庭收复宝丰，进住郏县，击败前来迎战的李自成。十九日，张献忠攻陷永州，巡按御史刘熙祚战死。二十日，赐杨庭鉴等进士及第，出身各有不同。二十一日，孙传庭因缺乏军粮引兵退去，李自成追击，大败孙传庭，孙传庭只好以残兵退守潼关。这月，凤阳多次发生地震。
十月初一日，祭祀太庙。六日，李自成攻克潼关，杀督师尚书孙传庭。李自成接连攻陷华州、渭南、临潼。命令官吏用赎罪换得的财物充当军饷。八日，李自成屠戮商州。十日，张献忠攻陷常德。十二日，李自成攻克西安，秦王朱存枢投降，巡抚都御史冯师孔、按察使黄。。等被杀。十七日，张献忠攻陷吉安。十一月四日，李自成攻陷延安，继而迅速攻下凤翔。十二日，在南郊祭天。二十一日，吏部侍郎李建泰、副都御史方岳贡并兼东阁大学士，辅佐军国大事。二十三日，范志完、赵光扌卞弃市。吴生生到金齿戍边。二十七日，李自成攻陷榆林，兵备副使都任、在职总兵官尤世威等被杀。宁夏、庆阳相继被攻克，韩王朱。被活捉。十二月二日，张献忠攻陷建昌。五日，周延儒犯罪被赐死。七日，张献忠攻陷抚州。二十一日，李自成北渡黄河，攻陷平阳，山西州县相继兵败投降。二十四日，李自成攻克甘州，巡抚都御史林日瑞、总兵官马火广等被杀死。二十六日，左良玉收复长沙。
这年，暹罗、琉球、哈密入朝进贡。
崇祯十七年(1644)正月初一，大风沙，凤阳发生地震。十一日，李建泰自己主动请求筹集军饷、治理军队征讨李自成，得到皇帝同意，二十六日，巡幸正阳门楼，为李建泰出师送行。南京发生地震。二十七日，工部尚书范景文、礼部侍郎丘瑜同兼东阁大学士，参与机要事务。本月，张献忠攻入四川。二月二日，李自成攻陷汾州，别部攻克怀庆。七日，攻陷太原，活捉晋王朱求桂，巡抚都御史蔡懋德等被杀。十三日，下诏责罚自己。十四日，潞安陷落。十六日，讨论京师城防。李自成进攻代州，总兵官周遇吉奋力相战，因缺乏粮食，被迫退守宁武关。十八日，李自成部另外一大将攻陷固关，进攻畿南。二十日，派内臣高起潜、杜勋等十人监视各边境及近畿各要害位置。二十三日，真定知府丘茂华杀害总督侍郎徐标，向所属降兵传达檄文。二十五日，李自成兵临漳德，赵王朱常氵臾投降。二十八日，下诏天下救援京师。命令文武百官上奏战守事宜。左都御史李邦华、右庶子李明睿请求南迁，让皇太子去江南抚慰军队，皇帝都不允许。二十九日，陈演辞官退职。李自成攻陷宁武，周遇吉奋力战死。三月二日，李自成兵至大同，总兵官姜瑰投降，代王朱传火齐遇害，巡抚都御史卫景瑗被活捉，自杀身亡。三日，李建泰上奏请求南迁。四日，在平台召见文武百官，把李建泰的奏书拿来给他们看，庄烈帝说：“一国之君应该为国而死，我是否打算前往？”李邦华再次请求让皇太子去江南抚慰南京军士，没得到允许。蒋德瞡辞官退职。五日，封总兵官吴三桂、左良玉、唐通、黄得功为伯。六日，征诏各镇兵入京救援。七日，总兵官唐通入京守卫，命令他同内臣杜之秩据守居庸关。十日，太监王承恩负责城守防备。十一日，李自成到宣府，负责监视宣府的太监杜勋投降，巡抚都御史朱之冯等被杀。十五日，唐通、杜之秩向李自成投降，李自成于是便挥师进入居庸关。十六日，攻陷昌平。十七日，李自成开始攻打京师城，京师营兵全部溃败。十八日傍晚，京师外城陷落。当天夜里，周皇后死。十九日拂晓，内城陷落。庄烈帝吊死在万寿山，王承恩与其一同吊死。死时衣襟里留有遗书，遗书写道“：我因无德，干犯天怒，降下这场大灾，然而这都是各位大臣害了我。我死后无脸见祖宗，自己去掉冠帽，用头发盖住脸面。现在任凭盗贼分裂，但不要伤害百姓一人。”从大学士范景文以下死去数十人。二十八日，贼军迁庄烈帝及皇后棺材于昌平，昌平人开启田贵妃墓安葬庄烈帝及皇后。明朝到此灭亡。
当年四月，大清兵在山海关打败李自成。五月，清兵进入京师，用皇帝安葬礼节安葬庄烈帝，命令所属臣民穿丧服三天。谥号叫庄烈愍皇帝，陵墓叫思陵。
评论：庄烈帝继承神宗、熹宗之大业，慨然有为。即位之初，决策机智，铲除奸贼叛逆，天下向往太平。可惜大势已去，败势难救。在朝廷则有门户纠纷，在边境则将士骄横懒惰。四处兵荒马乱，流寇大起。最后到了不可挽救的地步，真可谓不幸。然而，在位十七年，不沉溺于声色，忧勤惕励，竭力治理国家。临朝浩叹，慨然思非常之才，但因用非其人，政事每况愈下。于是又信任宦官，并将其分布安置于各要害位置，举措失当，致使朝廷制置脱离常轨。即使乞求时来运转，但还是身遭不幸，这难道不是天运使他这样么！等到他命归黄泉，妖贼流寇被全部清除，庄烈帝因此才得加谥号建陵墓，且典礼比较优厚隆重。此乃圣朝(清朝)盛德远扬千古，也可因此知道庄烈帝虽遭受灾难而未被侮辱其身，真是亡国之义烈。
崇祯十一年(1638)正月十三日，洪承畴在梓潼打败李自成，李自成回师陕西。二十三日，裁减南京多余官员。二月十日，改河南巡按都御史张任学为总兵官。三月十五日，贺逢圣辞官退职。这月，李自成从洮州出番地，被总兵官曹变蛟追击失败，李自成再次入塞。率军到西和、礼县。
四月八日，张献忠在谷城假装投降，熊文灿受降。十五日，张至发辞官退职。十六日，火星逆向行驶，告诉廷臣修身反省。五月初一日，在中左门策试考选官。六月二日，安民厂发生灾害，城垣被毁坏，万余人受伤。十一日，孔贞运辞官退职。二十四日，兵部尚书杨嗣昌、户部尚书程国祥、礼部侍郎方逢年、工部侍郎蔡国用均为礼部尚书，大理少卿范复粹为礼部侍郎，一同兼东阁大学士，参与机要事务。杨嗣昌仍然掌管兵部。这月，两畿、山东、河南大旱，起蝗虫。
七月四日，少詹事黄道周因谈论杨嗣昌父丧未辞官守孝一事，贬为按察司照磨。八月八日，因多次出现灾害和异常情况，居永寿宫行斋，告诉廷臣修身反省。二十三日，傅冠辞官退职。二十八日，停止用刑。罗汝才等从陕州侵犯襄阳。九月，陕西、山西天旱饥荒。二十二日，大清兵进入墙子岭，总督蓟辽兵部侍郎吴阿衡战死。二十四日，京师戒严。
十月四日，卢象升入京救援，皇帝在武英殿召对他。五日，招买马匹。卢象升、高起潜分别领导援军。这月，洪承畴、曹变蛟大败李自成于潼关南原，李自成只率骑兵数人逃走。十一月十日，大清兵攻克高阳，退职大学士孙承宗战死。三十日，罢免卢象升，准其带罪立功。刘宇亮自己请求视察军队，得到同意。这月，罗汝才投降。十二月十二日，方逢年停职。卢象升在巨鹿兵败而死。二十日，孙传庭为兵部侍郎监督援军，征调洪承畴入京守卫。
当年，土鲁番、琉球入朝进贡。
崇祯十二年(1639)正月一日，因时事艰难多难，拒绝朝臣庆贺。二日，大清兵进入济南，德王朱由枢被活捉，布政使张秉文等死。十日，刘宇亮、孙传庭会师十八万人于晋州，但不敢前进。十九日，改洪承畴镇守蓟、辽二州，孙传庭总督保定、山东、河北。二月七日，刘宇亮停职。大清兵引兵北回。三月九日，出青山口，共深入内地二千里，经历五个月，攻下畿内、山东七十余城。十九日，加上孝纯皇太后谥号，诏告天下。
四月二十一日，程国祥辞官退职。这月，左良玉攻击降贼首领李万庆。五月八日，礼部侍郎姚明恭、张四知、兵部侍郎魏照乘均为礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。九日，张献忠在谷城起兵反明，罗汝才等相继起兵响应，一举攻克房县。十九日，孙传庭革职，不久被逮捕入狱。六月，畿内、山东、河南、山西天旱，起蝗虫。二十三日，抽调各镇精兵进行训练，又增加练兵粮饷。
七月十七日，左良玉征讨张献忠，在罗猴山失败，总兵官罗岱被活捉处死。熊文灿被革职，不久逮捕下狱。八月八日，下诏诛杀边境失事巡抚都御史颜继祖，总兵官倪宠、祖宽，内臣邓希诏、孙茂霖等三十三人，全部弃市示众。十四日，减免唐县及其他四十州县去年田租的一半。二十七日，大学士杨嗣昌率军征讨贼军，总督以下全部听其节制。
十月初一日，杨嗣昌在襄阳誓师。十一日，左良玉为平贼将军。十三日，钦定保民四事全书修成，颁布于天下。十一月二十八日，在京师南郊祭祀天。十二月，罗汝才侵犯四川。二十四日，下兵部尚书傅宗龙于狱。
当年，琉球入朝进贡。
崇祯十三年(1640)闰正月三日，赈救真定饥荒。六日，赈救京师饥民。二十一日，赈济山东饥荒。二月初一日，在东郊祭日。七日，总督三边侍郎郑崇俭在太平县玛瑙山大败张献忠，张献忠败走归州。二十七日，因长时间干旱，征求直言。三月三日，祈祷雨。五日，大风沙，下诏清理刑狱。七日，罢免各镇内臣。十七日，赐魏藻德等进士及第、出身各有不同。十九日，赈救畿内饥荒。二十八日，减免河北三府欠交赋税。
四月七日，逮捕江西巡抚佥都御史解学龙及他推举的黄道周。二十八日，吏部尚书谢升为礼部尚书，礼部侍郎陈演以原官兼东阁大学士，参与机要事务。五月，罗汝才攻打夔州，石石主女土官秦良玉连续战退罗汝才。四日，在北郊祭地。三十日，姚明恭辞官退职。六月初一日，总兵官贺人龙等分路追击罗汝才，罗汝才兵败，移师大宁。二十日，蔡国用死。二十一日，薛国观停职。
七月初一日，畿内捕捉蝗虫。十日，发放钱币赈救遭受蝗灾州县。十二日，左良玉及京师营兵总兵官孙应元等在兴山大败罗汝才。罗汝才败走巫山，与张献忠会合。八月二十五日，赈救江北饥荒。九月，陕西官军将李自成围困于巴西鱼腹山中，李自成因逃走幸免。十五日，张献忠攻陷大昌，总兵官张令战死。不久又攻克剑州、绵州。
十月六日，熊文灿被斩首示众。十一月，杨嗣昌进军重庆，十日，在南郊祭天。十一日，南京发生地震。十二月初一日，严格抄传军事机密禁令。五日，张献忠攻陷泸州。九日，逮捕薛国观。这月，李自成从湖广到河南，饥饿农民争先恐后跟随李自成。连续攻陷宜阳、永宁，杀万安王采。。，攻陷偃师，声势大震。
当年，两畿、山东、河南、山西、陕西天旱，蝗虫大起，人相残食。
崇祯十四年(1641)正月五日，在京师南郊祭谷。十三日，总兵官猛如虎追击张献忠于开县黄陵城，官军溃败，参将刘士杰等战死，张献忠遂挥师东下。二十日，李自成攻下河南，福王朱常洵被杀，前兵部尚书吕维祺等死。二月四日，下诏因时事艰难，灾害多次出现，悲痛得自己责罚自己。停止执行今年刑狱。所有罪犯全部减等定罪。五日，张献忠攻陷襄阳，襄王朱翊铭、贵阳王朱常法一同遇害，副使张克俭等战死。十三日，李自成进攻开封，周王朱恭枵、巡抚御史高名衡抗拒迎战李自成，李自成退却。二十日，张献忠攻陷光州。二十四日，在乾清宫左室召见阁臣、九卿、科道。命驸马都尉冉兴让等赏赐钱币金银，赈救河南受难宗室。三月初一日，杨嗣昌从四川回京，到荆州死去。十日，祈祷下雨。二十一日，洪承畴会合八镇兵于宁远。二十二日，逮捕郑崇俭下狱，不久弃市。
四月七日，大清兵攻锦州，祖大寿奋力拒守。十四日，总督三边侍郎丁启睿为兵部尚书，率军征讨贼军。五月六日，范复粹辞官退职。从狱中释放傅宗龙，任命他为兵部侍郎，总督陕西三边军务，征讨李自成。十四日，在北郊祭地。六月，两畿、山东、河南、浙江、湖广旱灾，起蝗虫，山东盗贼大起。
七月五日，李自成攻打邓州，杨文岳、总兵官虎大威打败李自成。二十八日，洪承畴增援锦州，驻军于松山。这月，临清运河干涸。京师大发瘟疫。八月二日，援兵与清军激战于松山，阳和总兵官杨国柱溃败战死。八日，赐薛国观死。十八日，重新建成太学，隆重祭奠先师孔子。二十一日，总兵官吴三桂、王朴从松山逃跑，其他军队在夜间全部溃败。这月，左良玉在信阳大败张献忠。九月四日，傅宗龙率师住新蔡，与总督保定侍郎杨文岳会师。六日，与贼军相遇，贺人龙全军溃败，傅宗龙被围困，文岳逃往陈州。十一日，周延儒、贺逢圣再次入阁。十八日，封皇子朱慈炯为定王。十九日，傅宗龙突围而出，直奔项城，被活捉处死。贼军屠戮项城及商水、扶沟。二十五日，李自成、罗汝才攻陷叶县，守将刘国能战死。这一月，官军在英山望云寨打败张献忠。
十月初一日，有日食。十一月四日，李自成攻陷南阳，唐王朱聿镆遇害，总兵官猛如虎等战死。十二月，李自成连续攻陷洧川、许州、长葛、鄢陵。二十三日，解学龙戍边，黄道周戍边。李自成、罗汝才合力攻打开封，周王朱恭枵、巡抚都御史高名衡誓死拒守。
崇祯十五年(1642)正月十三日，孙传庭任兵部侍郎，统领京师军队救援开封。十五日，杨文岳救援开封，李自成领兵南陷西华。十八日，减免天下崇祯十二年以前欠交赋税。这月，山东贼军攻陷张秋、东平，抢劫漕运船只。太监王裕民、刘元斌率兵会合兖东官军征讨平定。二月八日，赈救山东愿接受抚恤乱民。十三日，总督陕西都御史汪乔年暂住襄城，途中遇贼军，贺人龙等逃奔入关，汪乔年被围困。十七日，襄城沦陷，汪乔年被捉拿处死。十八日，大清兵攻克松山，洪承畴投降，巡抚都御史丘民仰，总兵官曹变蛟、王廷臣，副总兵江翥、饶勋等死于军火。这一月，由孙传庭总督三边军务。三月，李自成攻陷陈州。八日，魏照乘辞官退职。十日，祖大寿以锦州向大清兵投降。二十二日，李自成攻陷睢州、太康、宁陵、考城。二十三日。封皇子朱慈火召为永王。二十七日，李自成攻陷归德。当年春天，江北贼军攻陷含山、和州，南京戒严。
四月二十四日，李自成又包围开封。二十六日，谢升革职。五月一日，孙传庭入关，诛杀贺人龙。六日，张献忠攻陷庐州。十九日，王朴弃市示众。六月十日，贺逢圣辞官退职。十五日，张四知辞官退职。十六日，下诏天下停止用刑三年。二十一日，詹事蒋德瞡、黄景窻、戎政侍郎吴生生均为礼部尚书兼任东阁大学士，参与军国大事。二十二日，诏孙传庭出关。兵部侍郎侯恂督领左良玉军队增援开封。二十四日，因一起推举阁臣之事，下吏部尚书李日宣六人于狱，贬官戍边各有不同。二十六日，在京师北郊祭地。这月，筑祭坛亲自祭祀死去的文武大臣。山西总兵官许定国增援开封，在沁水溃败，宁武兵在覃怀溃败。
七月一日，左良玉、虎大威、杨德政、方国安四镇兵在朱仙镇溃败。八月十三日，安庆发生兵变，杀都指挥徐良宪，后来官军平定兵变。二十八日，黄道周从戍所释放出来，恢复其原来官职。三十日，兵部尚书陈新甲下狱，不久弃市。九月十五日，李自成决黄河堤灌于开封城。十六日，开封城垣倒塌，淹死城民数十万人。二十二日，孙传庭率军赶赴开封。二十四日，凤阳总兵官黄得功、刘良佐在潜山大败张献忠。
十月二十四日，孙传庭在郏县被张献忠打败。孙传庭引兵入关。十一月一日，援汴总兵官刘超占据永城谋反。四日，发放钱币赈济开封受灾宗室兵民。六日，大清兵分路入塞，京师戒严。命令勋臣分守九门，太监王承恩监督检查城防。下诏推举能率军守京大将。十二日，征调各镇兵入京救援。十四日，大清兵攻克蓟州。二十一日，蓟镇总督赵光。。提调援军。二十二日，张献忠攻陷无为。二十三日，辽东督师侍郎范志完入京救援。闰十一月七日，下诏责备自己，征求直言。十六日，大清兵南下，畿南郡邑大多没有守卫。二十一日，起用已废除将领。这月，李自成攻陷汝宁，前总督侍郎杨文岳、佥事王世琮宁死不屈英勇而死。十二月，大清兵直捣曹、濮，相继攻下山东州县，鲁王朱以派自杀。四日，李自成攻陷并占据襄阳。左良玉逃奔承天，不久到武昌。李自成分兵前进，攻下德安、彝陵，相继攻克荆门、荆州。二十八日，焚烧献陵。
崇祯十六年(1643)正月二日，李自成攻陷承天，巡抚都御史宋一鹤、留守沈寿崇等死。二十五日，张献忠攻陷蕲州。二月初一日，有日食。五日，范志完、赵光。。会师于平原。三月十七日，李自成杀害罗汝才，合并其部众。十九日，命令大学士吴生生率师征剿李自成。二十四日，李自成攻克武冈，杀岷王朱企。。张献忠攻陷黄州。
四月四日，周延儒自己请求率师出征，得到皇帝允许。二十八日，大清兵北回，与官军战于螺山，总兵官张登科、和应荐兵败，八镇兵全部溃败。这年，刘超讲和。五月初一日，张献忠攻陷汉阳。十日，周延儒回京师。十四日，修撰魏藻德为少詹事兼东阁大学士，辅佐军国大事。十六日，吴生生停职。二十五日，周延儒停职。三十日，张献忠攻陷武昌，楚王朱华奎被沉于长江。在籍大学士贺逢圣等死。六月一日，下诏减免直省残破州县三饷及一切常赋二年。十七日，逮捕范志完下狱。二十四日，雷电震坏奉天殿上兽吻，命令修身反省。
七月六日，在中左门亲自审讯范志完。二十四日，亲自在中左门审讯前任文选侍郎吴昌时，允许周延儒旁听调查。二十八日，禁止朝廷大臣私下谒见阁臣。京师从二月到本月发大瘟疫，下诏释放轻刑罪犯，发放钱币治疗疾病，掩埋五城外露尸骨。八月初一日，左良玉收复武昌、汉阳。五日，献忠攻陷岳州。二十五日，攻陷长沙。二十九日，攻陷衡州。九月五日，张献忠攻陷宝庆。八日，黄景窻辞官退职。十日，孙传庭收复宝丰，进住郏县，击败前来迎战的李自成。十九日，张献忠攻陷永州，巡按御史刘熙祚战死。二十日，赐杨庭鉴等进士及第，出身各有不同。二十一日，孙传庭因缺乏军粮引兵退去，李自成追击，大败孙传庭，孙传庭只好以残兵退守潼关。这月，凤阳多次发生地震。
十月初一日，祭祀太庙。六日，李自成攻克潼关，杀督师尚书孙传庭。李自成接连攻陷华州、渭南、临潼。命令官吏用赎罪换得的财物充当军饷。八日，李自成屠戮商州。十日，张献忠攻陷常德。十二日，李自成攻克西安，秦王朱存枢投降，巡抚都御史冯师孔、按察使黄。。等被杀。十七日，张献忠攻陷吉安。十一月四日，李自成攻陷延安，继而迅速攻下凤翔。十二日，在南郊祭天。二十一日，吏部侍郎李建泰、副都御史方岳贡并兼东阁大学士，辅佐军国大事。二十三日，范志完、赵光扌卞弃市。吴生生到金齿戍边。二十七日，李自成攻陷榆林，兵备副使都任、在职总兵官尤世威等被杀。宁夏、庆阳相继被攻克，韩王朱。被活捉。十二月二日，张献忠攻陷建昌。五日，周延儒犯罪被赐死。七日，张献忠攻陷抚州。二十一日，李自成北渡黄河，攻陷平阳，山西州县相继兵败投降。二十四日，李自成攻克甘州，巡抚都御史林日瑞、总兵官马火广等被杀死。二十六日，左良玉收复长沙。
这年，暹罗、琉球、哈密入朝进贡。
崇祯十七年(1644)正月初一，大风沙，凤阳发生地震。十一日，李建泰自己主动请求筹集军饷、治理军队征讨李自成，得到皇帝同意，二十六日，巡幸正阳门楼，为李建泰出师送行。南京发生地震。二十七日，工部尚书范景文、礼部侍郎丘瑜同兼东阁大学士，参与机要事务。本月，张献忠攻入四川。二月二日，李自成攻陷汾州，别部攻克怀庆。七日，攻陷太原，活捉晋王朱求桂，巡抚都御史蔡懋德等被杀。十三日，下诏责罚自己。十四日，潞安陷落。十六日，讨论京师城防。李自成进攻代州，总兵官周遇吉奋力相战，因缺乏粮食，被迫退守宁武关。十八日，李自成部另外一大将攻陷固关，进攻畿南。二十日，派内臣高起潜、杜勋等十人监视各边境及近畿各要害位置。二十三日，真定知府丘茂华杀害总督侍郎徐标，向所属降兵传达檄文。二十五日，李自成兵临漳德，赵王朱常氵臾投降。二十八日，下诏天下救援京师。命令文武百官上奏战守事宜。左都御史李邦华、右庶子李明睿请求南迁，让皇太子去江南抚慰军队，皇帝都不允许。二十九日，陈演辞官退职。李自成攻陷宁武，周遇吉奋力战死。三月二日，李自成兵至大同，总兵官姜瑰投降，代王朱传火齐遇害，巡抚都御史卫景瑗被活捉，自杀身亡。三日，李建泰上奏请求南迁。四日，在平台召见文武百官，把李建泰的奏书拿来给他们看，庄烈帝说：“一国之君应该为国而死，我是否打算前往？”李邦华再次请求让皇太子去江南抚慰南京军士，没得到允许。蒋德瞡辞官退职。五日，封总兵官吴三桂、左良玉、唐通、黄得功为伯。六日，征诏各镇兵入京救援。七日，总兵官唐通入京守卫，命令他同内臣杜之秩据守居庸关。十日，太监王承恩负责城守防备。十一日，李自成到宣府，负责监视宣府的太监杜勋投降，巡抚都御史朱之冯等被杀。十五日，唐通、杜之秩向李自成投降，李自成于是便挥师进入居庸关。十六日，攻陷昌平。十七日，李自成开始攻打京师城，京师营兵全部溃败。十八日傍晚，京师外城陷落。当天夜里，周皇后死。十九日拂晓，内城陷落。庄烈帝吊死在万寿山，王承恩与其一同吊死。死时衣襟里留有遗书，遗书写道“：我因无德，干犯天怒，降下这场大灾，然而这都是各位大臣害了我。我死后无脸见祖宗，自己去掉冠帽，用头发盖住脸面。现在任凭盗贼分裂，但不要伤害百姓一人。”从大学士范景文以下死去数十人。二十八日，贼军迁庄烈帝及皇后棺材于昌平，昌平人开启田贵妃墓安葬庄烈帝及皇后。明朝到此灭亡。
当年四月，大清兵在山海关打败李自成。五月，清兵进入京师，用皇帝安葬礼节安葬庄烈帝，命令所属臣民穿丧服三天。谥号叫庄烈愍皇帝，陵墓叫思陵。
评论：庄烈帝继承神宗、熹宗之大业，慨然有为。即位之初，决策机智，铲除奸贼叛逆，天下向往太平。可惜大势已去，败势难救。在朝廷则有门户纠纷，在边境则将士骄横懒惰。四处兵荒马乱，流寇大起。最后到了不可挽救的地步，真可谓不幸。然而，在位十七年，不沉溺于声色，忧勤惕励，竭力治理国家。临朝浩叹，慨然思非常之才，但因用非其人，政事每况愈下。于是又信任宦官，并将其分布安置于各要害位置，举措失当，致使朝廷制置脱离常轨。即使乞求时来运转，但还是身遭不幸，这难道不是天运使他这样么！等到他命归黄泉，妖贼流寇被全部清除，庄烈帝因此才得加谥号建陵墓，且典礼比较优厚隆重。此乃圣朝(清朝)盛德远扬千古，也可因此知道庄烈帝虽遭受灾难而未被侮辱其身，真是亡国之义烈。